2. Sezon

Penguen, Gotham'ın Kralı'dır ve GCPD'deki karışıklığın ardından Dedektif James Gordon'ın ahlaki pusulası sarsılır ve Penguen'den yardım ister. Bu sırada Bruce Wayne, babasının ofisindeki sırları keşfetmeye devam ederken, Gotham'ın yeni sakinleri Theo Galavan ve kız kardeşi Tabitha, pek de beklenmedik müttefiklerle —Arkham'dan bir grup tehlikeli mahkûmla— arkadaşlık kurar.

Gordon ve Bullock, geçmişten gelen bir düşmanın izini sürerken Jerome ve Gordon arasında bir çatışma yaşanır. Bu sırada, Gotham Çocuk Hastanesi galasındaki bir sihir gösterisi rehin alma krizine dönüşür.

Kaptan Barnes, Gordon'un yardımıyla yasalara saygılı bir görev gücü oluşturmak için göreve çağrılır. Bu arada, Penguin Galavan'a bir iyilik yapmaya çalışırken, Nygma da Kringle'ı randevuya çıkarır.

After Bridgit Pike rejoins her brothers, a new spark of courage ignites within her, as she chooses to take control of her future. Meanwhile, Kringle and Nygma's relationship will take a new step and Penguin and Galavan continue to battle for control of Gotham City's underworld.

Butch, Penguin ve adamlarını Gertrude'un tutulduğu depoya götürür. Penguin, annesini kaçırdığı için Galavan'dan intikam almayı planlamaktadır. Bu sırada Nygma, ölümcül bir kazanın ardından yaşananlarla başa çıkmaktadır.

Galavan, Barbara'yı Jim Gordon'un peşine gönderirken, kendisi Bruce Wayne ile bir iş anlaşması yapmaya çalışır. Barnes ve Bullock, Barbara'nın izini sıkı takip ederken Nygma tanıdık bir yüzle karşılaşır.

Gordon ve Barnes, Gotham'ı temizlemeye devam ederken Gordon, şehrin en tehlikeli kiralık katillerinden biri olan Eduardo Flamingo ile yüzleşir. Bu sırada Nygma ve Penguen yolları yeniden kesişir, Bruce ise Galavan'ı ailesinin katilinin adını vermesi için sıkıştırır.

Bruce Wayne kaçırıldığında, Gordon umulmadık ve tehlikeli müttefiklerden yardım istemek zorunda kalır. Bu bir kötü adamlar savaşıdır ve herkes sağ çıkmayı başaramaz.

Penguen, Galavan'ın cinayetini üstlenir ama Gordon'u kolay kolay kurtarmaz. Bu arada Gordon ve Bullock, Gotham'ın önde gelen kriyojenik mühendislerinden Victor Fries'ın ceset çalma çılgınlığını araştırır.

Gordon, Bullock ve Barnes, Victor Fries'ı aramaya devam ederken, yardım için eşi Nora'ya yönelmek zorunda kalır. Bu sırada, Penguin Hugo Strange ile tanışır ve Alfred, Bruce'a ebeveynlerinin katiliyle ilgili önemli bir bilgi verir.

Gordon ve Bullock, bir soygunun izini sürerken ipuçlarının Nygma tarafından bırakıldığından habersizdir; Gordon anonim bir tehdit alır; Penguin babasıyla buluşur; Bruce sokak bilgeliğini geliştirir.

Gordon koruyucu gözetimden alındıktan sonra, hapishane duvarları içinde yeni tehditler ve tehlikelerle yüzleşmeye başlar. Hayatta kalmak için yeni bir arkadaşının yanı sıra Bullock ve diğer dış yardımlara güvenmesi gerekir. Bu arada, Penguen babasına yaklaşırken, üvey annesi ve üvey kardeşleri aile için kendi planlarını ilerletir.

Adını temize çıkarmak için Gordon dosyasını çalar ve Nygma'dan yardım ister. Bu sırada Penguin, üvey ailesinin babasının ölümündeki rolünü keşfeder ve koşullanmasından uyanır.

Arkham Akıl Hastanesi'nden ayrıldıktan sonra Barbara, Gordon'la arasını düzeltmeye çalışır. Bu sırada Bruce ve Alfred, Thomas Wayne'in Project Chimera'dan eski arkadaşlarından birinin izini sürer, ancak Hugo Strange planlarını altüst eder.

Gordon ve Bruce, Profesör Strange'i chimera projesi hakkında sorguluyor ve bu durum Strange'in yeni dirilen Galavan'ı Gordon'la yüzleşmesi için göndermesine neden oluyor. Bu sırada Gordon, Profesör Strange'in kim olduğunu araştırmaktadır.

Hugo Strange, Indian Hill'de Fish Mooney'yi dirilttikten sonra Gotham'da tanıdık bir yüzü karşılar. Daha sonra Bruce, bir arkadaşının tehlikede olduğunu keşfeder ve Gordon, Alfred ve Lucius ile takım kurarak Strange'in deneyleri hakkında daha fazla şey ortaya çıkarır.

Gordon, Bruce ve Lucius Indian Hill'de kalırken, Gotham şehri Hugo Strange'in mahkumlarının bir kaçış planı yaparak Gotham'da yeni hayatlarına başlamalarıyla yeni bir tehditle karşılaşacak.